清代康熙年间,少林俗家弟子洪熙官(李连杰饰)屡与贪官污吏作对,被作为头号追杀人物。由于同门马宁儿的出卖,致使熙官全家被杀,仅留幼子文定。马宁儿又想向熙官施暗算,被熙官毙于枪下。从此,熙官携幼子浪迹天涯。
八年后。少林寺至善禅师获一藏宝图,可用以对抗清廷。为防清廷抢夺,把藏宝图分开文于马超与、胡德帝、蔡德忠、李式开、方大满腔等年幼五祖背上,又密函知会洪熙官护送五祖往寻天地会陈近南总舵主。朱小倩和红豆母女专以行骗为生,一次,遇上马超与其父马佳善,她们以卖身葬母为由设下骗局。马佳善中计将红豆买回,碰见洪熙官父子,见其勇武,请其当护院。朱小倩母女怕洪熙官揭破骗局,心生杀意,反被洪熙官制服,熙官怕母女俩生事而不去揭穿她们底细。
少林寺被清兵围攻,突然出现一恐怖怪人大闹少林寺。恐怖怪人就是被西域妖僧救走的马宁儿。少林寺被毁,五祖逃至马家庄,追兵跟踪而至,马家庄顿时成为战场。朱小倩领五祖在小巷中与清兵激战,将领兵官和大批高手除去,她也中箭而亡。洪熙官父子双战马宁儿,但其此时已刀剑不入,洪熙官的师叔突然出现,三人大战马宁儿仍不能取胜。文定舍命刺瞎马宁儿双眼,洪熙官乘势将其踢入熔炉,大仇终于得报,藏宝图安然无恙。