到了前14世纪中期,底比斯已然成为迈锡尼文明中一个非常重要的城市。(荷马史诗中也曾提到,波奥提亚人为远征提供了50艘战船,每艘容纳120人,单就战舰容量来说,波奥提亚人的战舰是远征军中最大的。)当时的底比斯城占地0.3平方公里,已经建造了较为坚固的宫殿(目前已经挖掘出部分议政厅、储藏室和小手工工场,)和防御性的城墙。目前考古学家还发现了不少当时带墓室的墓葬,特别是一个带有壁画的大型贵族墓穴。在这个世纪的晚期,底比斯的宫殿遭到严重毁坏,并重新选址进行重建。而到了前1250年前后,一场范围更大的灾祸降临于底比斯,宫殿再次遭到毁坏。同时,底比斯也伴随着希腊文明,一同进入了漫长的黑暗时代。
底比斯的守护神是阿波罗,最著名的神庙是伊斯美尼亚Ismenia的阿波罗神庙,其神喻也十分出名。希腊神话中伊底帕斯国王的住地和大部分古希腊悲剧故事的发生地,著名的有埃斯库罗斯的《七将攻底比斯》和索福克勒斯的《伊底帕斯王》和《安提戈涅》,也是其他有关伊底帕斯、他妻子-母亲和他孩子命运的故事的发生地。