他(申时行)深感天子虽为天子,仍不免有闺房儿女之情,因之万历提及他和郑贵妃的关系,申先生不置一辞。他还理解,皇帝仍然是一个有血有的“人”,也有他理智和感情的交战。关于立储一事,申时行自始至终主张忍耐,等待万历改变主意,他的是上兼学生不是一个没有理智的人,假以时日,他自己必然会对这问题找到合理的解决,而施加压力则于事无补。
日后事态的发展证明首辅的估计并不正确。时间并没有成为有利因素。他在文渊阁八年半的任期中,接触过各种复杂的人和事。他的“大事化小,小事化了”的办事方针,并不能永远做到弥息补照,相反,有时造成的严重后果,竟会大大超出他的始料所及。