在同辈的人物中,李贽虽然享有比别人更多的自由,但是他终究没有找到他最企盼的独立地位。这种困难和冲突迫使他继续写作,笔下内容仍然不能越出这一问题的范畴。这种情况,连同情他的袁中道也为之不解:既然由于对官僚政治不满而绝意仕进,那就理当息机忘世,以文墨自娱;可是写来写去,还总是和官僚政治有关,加之名望越来越大,“祸逐名起”。这就无怪乎招致杀身之祸了。如果知识分子放弃了正统的儒家观念,则王朝的安全会立即受到威胁。知识分子在政治上是政府中的各级官员,在经济上是中等以上的地主,因而也是这个社会的真正主人。而正统的儒家观念又是维系他们的纽带,除此而外,再无别的因素足以使他们相聚一堂,和衷共济。所以李蛰在晚年被捕入狱,虽然也被指控为行为不检,但审判官在审讯的时候对此并不斤斤计较,所注意的乃是他“惑世诬民”的著作。李贽本人也早就预感到了这一点。他把他的一部著作题为《焚书》,意思是早晚必将付之一炬;另一部著作题为《藏书》,意思是有干时议,必须藏之名山,等待适当的时机再行传播。